বর্তমান সময়ে কওমি শিক্ষাব্যবস্থা মূলত দুটি বড় ধরনের কাঠামোগত ও গুণগত সংকটের মুখোমুখি: এক. সিলেবাস ও পাঠ্যসূচিতে সময়ের চাহিদার অনুপস্থিতি এবং দুই. প্রাতিষ্ঠানিক সুশাসন ও শিক্ষক উন্নয়নের ঘাটতি। দ্বীনি শিক্ষার মৌলিক উদ্দেশ্য, ঐতিহ্য ও স্বকীয়তা অক্ষুণ্ণ রেখেই এই সংকট উত্তরণের পথ খোঁজা এখন সময়ের সবচেয়ে বড় দাবি।

এর পরিমার্জিত রূপের ওপর নির্ভরশীল। অষ্টাদশ শতাব্দীতে মোল্লা নিজামুদ্দিন সিহালভি (রহ.) যখন এই নেসাব প্রণয়ন করেছিলেন, তখন তা ছিল যুগান্তকারী। কারণ, সে যুগে রাষ্ট্র পরিচালনা, বিচারব্যবস্থা ও সমাজে নেতৃত্ব দেওয়ার জন্য যেসব শাস্ত্রের প্রয়োজন ছিল (যেমন—তৎকালীন দর্শন, মান্তিক বা তর্কশাস্ত্র, গণিত ইত্যাদি), তার সবই সেখানে অন্তর্ভুক্ত ছিল। কিন্তু বর্তমান সময়ের প্রেক্ষাপট সম্পূর্ণ ভিন্ন।

পাশাপাশি কওমি মাদরাসাগুলোর আরেকটি বড় সংকট হলো প্রাতিষ্ঠানিক সুশাসন ও প্রশাসনিক ব্যবস্থাপনার দুর্বলতা। একটি শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান কেবল ইট-পাথরের ভবন আর কিতাবের সমাহার নয়; বরং এটি একটি সুসংগঠিত সিস্টেম। স্বৈরতান্ত্রিক ও এককেন্দ্রিক নিয়ন্ত্রণ বনাম প্রাতিষ্ঠানিক সুশাসন: বাংলাদেশের অনেক কওমি মাদরাসা আজও ব্যক্তিকেন্দ্রিক। সুনির্দিষ্ট নীতিমালা, দায়িত্ব বণ্টন ও প্রাতিষ্ঠানিক জবাবদিহিতার পরিবর্তে একজন মুহতামিম (পরিচালক) বা প্রতিষ্ঠাতার ব্যক্তিনির্ভর সিদ্ধান্তে প্রতিষ্ঠান পরিচালিত হওয়ার প্রবণতা প্রবল। মজলিসে শুরা (উপদেষ্টা পরিষদ) থাকলেও অনেক ক্ষেত্রে তা নামমাত্র। সিদ্ধান্ত গ্রহণে স্বচ্ছতা, আর্থিক জবাবদিহিতা এবং নিয়মিত মূল্যায়নের অভাবে প্রতিষ্ঠানের দীর্ঘমেয়াদি ও টেকসই উন্নয়ন বাধাগ্রস্ত হয়। একজন দক্ষ ও যোগ্য ব্যক্তির ওপর নির্ভরশীল প্রতিষ্ঠানের পরিবর্তে নীতিমালা, স্ট্যান্ডার্ড অপারেটিং প্রসিডিউর (SOP), দায়িত্বের বিকেন্দ্রীকরণ এবং প্রাতিষ্ঠানিক ধারাবাহিকতার ভিত্তিতে পরিচালিত প্রতিষ্ঠান গড়ে তোলা জরুরি।

শিক্ষাদান বা পেডাগজি (Pedagogy) সম্পূর্ণ ভিন্ন একটি বিজ্ঞান। বিষয়ভিত্তিক দক্ষতার পাশাপাশি আধুনিক শিক্ষাদানের কৌশল সম্পর্কে অজ্ঞতার কারণে শ্রেণিকক্ষে কার্যকর জ্ঞান স্থানান্তর সম্ভব হয় না। শিক্ষক প্রশিক্ষণের প্রয়োজনীয়তা ও পেশাগত দক্ষতা উন্নয়ন: আমাদের মাদরাসাগুলোতে শিক্ষকদের জন্য প্রথাগত ইন-সার্ভিস ট্রেনিং বা পেশাগত উন্নয়নমূলক কর্মশালার সংস্কৃতি প্রায় নেই বললেই চলে। পেডাগজি, চাইল্ড সাইকোলজি (শিশু মনস্তত্ত্ব), শিক্ষা মনস্তত্ত্ব, শ্রেণিকক্ষ ব্যবস্থাপনা, শিক্ষার্থীর বয়সভিত্তিক বিকাশ (Early Childhood Development) এবং ইতিবাচক শৃঙ্খলা সম্পর্কে কোনো প্রাতিষ্ঠানিক প্রশিক্ষণ না থাকায় শিক্ষকরা অনেক ক্ষেত্রেই সনাতন পদ্ধতির ওপর নির্ভর করেন। ফলে শিক্ষার্থীদের মনস্তত্ত্ব বুঝে পাঠদান করার দক্ষতা শিক্ষকদের মধ্যে তৈরি হয় না। মুখস্থবিদ্যার ওপর অতিরিক্ত জোর এবং শারীরিক বা মানসিক শাস্তির মতো নেতিবাচক প্রবণতাগুলোও এই মনস্তাত্ত্বিক প্রশিক্ষণের অভাবেই টিকে আছে।

প্রধান সমস্যা—সিলেবাসের সীমাবদ্ধতা এবং প্রশাসনিক দুর্বলতা—পরস্পর বিচ্ছিন্ন কোনো বিষয় নয়; বরং এরা একই কাঠামোগত সংকটের এপিঠ-ওপিঠ। একটি দুর্বল ও যুগবিচ্ছিন্ন শিক্ষাক্রম যেমন শিক্ষার্থীর জ্ঞান, চিন্তার গভীরতা ও দক্ষতার পরিসরকে সীমিত করে দেয়, তেমনি একটি ব্যক্তিকেন্দ্রিক ও অগণতান্ত্রিক প্রশাসন সেই শিক্ষাক্রমকে সংস্কারের পথে সবচেয়ে বড় বাধা হয়ে দাঁড়ায়। ধরা যাক, কোনো মাদরাসার একদল তরুণ শিক্ষক আধুনিক শিক্ষাপদ্ধতি বা গবেষণাধর্মী পাঠদান চালু করতে চাইলেন, কিন্তু কেন্দ্রীভূত প্রশাসন ও নির্দিষ্ট নীতিমালার অভাবে তাদের সেই উদ্যোগ অঙ্কুরেই বিনষ্ট হয়ে যায়।

দক্ষ শিক্ষক, আধুনিক ব্যবস্থাপনা ও যুগোপযোগী পাঠ্যক্রম—এই তিনটি উপাদান একটি ত্রিভুজের মতো। একটিকে বাদ দিয়ে অন্যটির উন্নয়ন সম্ভব নয়। শিক্ষার প্রকৃত উদ্দেশ্য কেবল নির্দিষ্ট কিছু কিতাব শেষ করে সনদ অর্জন করা বা পরীক্ষায় উত্তীর্ণ হওয়া নয়। এর মূল উদ্দেশ্য হলো শিক্ষার্থীর চিন্তার বিকাশ ঘটানো, তার মধ্যে গবেষণামনস্কতা তৈরি করা এবং তাকে একজন দায়িত্বশীল, সমাজসচেতন ও খোদাভীরু মানুষ হিসেবে গড়ে তোলা। এই লক্ষ্য অর্জনে কাঠামোগত সংস্কারের কোনো বিকল্প নেই।

ঐতিহাসিক স্বকীয়তা ও রূহানিয়াত (আধ্যাত্মিকতা) বজায় রেখে শিক্ষাব্যবস্থার গুণগত মানোন্নয়নে নিচের পদক্ষেপগুলো গ্রহণ করা যেতে পারে:

সিলেবাসের আধুনিকায়ন, প্রশাসনিক সুশাসন প্রতিষ্ঠা এবং মনস্তত্ত্ব-সচেতন দক্ষ শিক্ষক তৈরির মাধ্যমে কওমি মাদরাসাগুলো এমন একদল যোগ্য ও প্রজ্ঞাবান আলেম তৈরি করতে পারে, যারা কেবল মসজিদ-মাদরাসার মিম্বরে নয়; বরং রাষ্ট্র, সমাজ, অর্থনীতি ও বুদ্ধিবৃত্তিক ময়দানেও উম্মাহর সফল নেতৃত্ব দিতে সক্ষম হবেন। দ্বীনি শিক্ষার এই গুণগত রূপান্তর এখন সময়ের অপরিহার্য দাবি।